En un mismo servidor podemos tener varios subdominios apuntando al mismo servidor, por ejemplo:
alfa.misitio.com apuntando a /var/www/carpeta1
beta.misitio.com apuntando a /var/www/carpeta2
En el siguiente ejemplo voy a crear una carpeta para acceder cuando ingresemos a la url subdominio.misitio.com
Crear la carpeta donde va a apuntar el subdominio
mkdir /var/www/misitio
sudo chown -R www-data: /var/www/misitio